При оформлении символики НПК были использованы основные принципы геральдики и эмблематики.

Так, в основе символики НПК изображена Фемида – древнегреческая мифологическая богиня правосудия, символизирующая правопорядок и беспристрастность.

В центре символики располагается четырехугольный геральдический щит с острым основанием, который разделен на два поля по диагонали слева направо, снизу вверх.

Стилизованный щит признанной в геральдической традиции формы характерной конструкции с острым основанием (павеза) несет на своей лицевой поверхности (в гербовом поле) определенный набор гербовых фигур и является основой любого герба. Щит символизирует единство, защиту, славу и честь.

На геральдическом щите символики НПК использована бело-черная тинктура. Белый цвет символизирует мудрость, надежность, правдивость и откровенность. Черный цвет – смирение, воздержанность, твердость и веру.

На белом поле геральдического щита в центре изображено золотое яблоко (символ знания и мудрости), на черном поле в центре – открытый серебряный замок (символ освобождения и познания).

Во главе геральдического щита на зеленом поле (зеленый – цвет свободы, надежды и успеха) написан девиз клуба: «LIBERTATEM IN SCIENTIA», что в переводе с латинского означает «СВОБОДА В ЗНАНИИ».

Геральдический щит обрамляют две девизные ленты.

Сверху – лента цветов национального флага Российской Федерации. Триколор подчеркивает российский межрегиональный статус Научного пенитенциарного клуба как центральной организации, главенствующей над региональными отделениями.

Цвета ленты – белый, синий и красный. Белый цвет называют «серебряным». Он символизирует чистоту, совершенство, мудрость. Синий цвет, который в геральдике называется «лазурью», выражает безупречность, веру и верность. Красный цвет – «червлень», выражает мужество, храбрость и великодушие.

По низу и краям щита – девизная лента, на которой написано название «НАУЧНЫЙ ПЕНИТЕНЦИАРНЫЙ КЛУБ». Цвета нижней девизной ленты – краповый и синий. Это прикладные (приборные) цвета, входившие в обмундирование сотрудников пенитенциарного ведомства нашей страны, относящиеся к истории уголовно-исполнительной системы России в разные периоды.