С начала существования Российского государства тюрьма в широком ее понимании являлась неотъемлемой частью власти. В середине XIX в. реформирование пенитенциарной политики заняло доминирующее положение, а в основу ресоциализации преступников были положены социальные условия отбывания наказания. Огромный вклад в становление отечественной уголовно-исполнительной системы был сделан такими учеными-пенитенциаристами, как И.Я. Фойницкий, С.В. Познышев, Н.С. Таганцев, С.П. Мокринсий и др. Научные исследования ученых были положены в основу преобразования уголовно-исполнительного законодательства и тюремной реформы в Российской империи, результатом которой, по высочайшему указу императора Александра II, стало образование 12 марта (27 февраля) 1879 года Главного тюремного управления. Эта дата является началом существования российской пенитенциарной системы, а также послужила основанием для Указа Президента Российской Федерации от 16 ноября 2010 года № 1433, которым был учрежден профессиональный праздник – День работника уголовно-исполнительной системы.

В начале ХХ столетия начинается Советский этап развития уголовно-исполнительной науки. Основными учеными данного периода были Е.Г. Ширвиндт, Б.С. Утевский, М.Н. Гернет. Во второй половине ХХ века активное участие в развитии уголовно-исполнительного законодательства приняли В.П. Артамонов, Н.А. Беляев, А.Е. Наташев, И.С. Ной, Н.А. Стручков, А.Л. Ременсон, Ю.М. Ткачевский. В последующий период большой вклад в развитие пенитенциарной науки внесли такие ученые, как В.А. Елеонский, Ю.В. Голик, А.И. Зубков, В.И. Селиверстов, Л.М. Прозументов, В.А. Уткин, А.В. Усс, О.В. Филлимонов и др.
Неоднократно на различных научных конференциях и собраниях, посвященных уголовно-исполнительной системе, их участники высказывали идею создания организации, которая бы объединила ученых и практиков, занимающихся проблемами пенитенциарной направленности.
В 2021 году на международной конференции, проводимой в Вологодском институте права и экономики ФСИН России, начальник учебного заведения Е.Л. Харьковский выступил в роли идейного вдохновителя и предложил образовать и официально зарегистрировать элитарное научно-профессиональное сообщество, которое объединит ученых-пенитенциаристов, практических сотрудников правоохранительных органов и иных заинтересованных лиц для участия в общественной деятельности. По его замыслу, одной из главных целей организации должно стать повышение уровня правосознания общества и развития пенитенциарной науки.

Первое организационное собрание членов клуба состоялось накануне Нового 2022 года в исторической обстановке дворянской усадьбы Брянчаниновых – месте, где родился известный русский подвижник и духовный писатель XIX века святитель Игнатий Брянчанинов. Ее посещали такие важные гости, как Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, первые лица области и главы Вологодской митрополии. Именно там было принято решение о юридическом оформлении клуба. Избранный тогда же президиум подготовил необходимый пакет документов и направил их на регистрацию в Управление Министерства юстиции Российской Федерации по Вологодской области. 5 августа 2022 года межрегиональная общественная организация «Научный пенитенциарный клуб» была зарегистрирована. Эта дата стала днем образования клуба.
Общим собранием членов общественной организации сроком на 5 лет был избран президент клуба. Им стал ветеран уголовно-исполнительной системы Алексей Борисович Баранов.
У истоков развития клуба и формирования его целей и задач стояли ведущие ученые России Ю.М. Антонян, Л.И. Беляева, С.Я. Бондаренко, Л.А. Букалерова, Ю.В. Быстрова, А.Я. Гришко, И.В. Дворянсков, А.В. Иванчин, Б.Б. Казак, М.А. Калужина, Л.В. Ковтуненко, Л.Л. Кругликов, В.Е. Лапшин, А.Н. Мусаев, Р.В. Нагорных, А.П. Некрасов, В.Н. Некрасов, Н.С. Оботурова, П.И. Остапенко, Р.А. Ромашов, В.И. Селиверстов, А.М. Чирков, а также почетные работники и ветераны уголовно-исполнительной системы и МВД России В.И. Никитеев, В.В. Демьянов, М.В. Киселев, С.В. Савельев, М.Ю. Титанов, Ю.В. Харамаев и другие.
За непродолжительный период своего существования НПК были открыты региональные отделения в 23 субъектах Российской Федерации, на данный момент они представлены в каждом федеральном округе.
Отметим, что Научный пенитенциарный клуб только в начале своего пути. Общественной организации предстоит решить еще много важных и актуальных проблем пенитенциарной науки и практики на благо развития нашего общества.